a := b :=

a := b := ""

If (ExStyle & WS_EX_TOPMOST)
{
    ...
    If (WWin == A_ScreenWidth && HWin == A_ScreenHeight)    ; Fullscreen check: such windows should not get a marker.
            Return
    ...
}

Process, Exist ; это же проверка "а запущен ли процесс этого скрипта?", она же всегда будет выдавать ErrorLevel := false, ведь в момент, когда она выдала бы true - скрипт то уже не выполняется.
ScriptPid := ErrorLevel
...
if (PID = ScriptPid)
         continue

Thread, Interrupt, 2000

SetTimer beep, 500
return

beep:
    i++
    ToolTip % i
    SoundBeep
    return

Space::
    SoundBeep 750
    sleep 2000
    SoundBeep 750
    return

F10:: 
    WinGetPos, X, Y,,, ahk_class Notepad
    WinMove, ahk_class Notepad,, X + 50, Y + 50
    return

#NoEnv
SetBatchLines, -1
SetWinDelay, 0

Hotkey := "!1"   ; указать горячую клавишу для установки/снятия стиля WS_EX_TOPMOST

; сдвиг окна-метки относительно верхнего левого угла окна-хозяина
global ShiftX := 5, ShiftY := 5
, GUIs := [], ScriptPid, Exceptions, WS_EX_TOPMOST := 0x8
, EVENT_OBJECT_SHOW := 0x8002, EVENT_OBJECT_HIDE := 0x8003, OBJID_WINDOW := 0
, EVENT_OBJECT_LOCATIONCHANGE := 0x800B, WINEVENT_SKIPOWNPROCESS := 0x2

; сюда добавляем названия классов окон (или их часть), которые нужно исключить из мониторинга
Exceptions := ["Button", "tooltip", "shadow", "TaskListThumbnailWnd", "TaskListOverlayWnd", "Progman"
                  , "ComboLBox", "Shell_TrayWnd", "TTrayAlert", "#327", "NotifyIconOverflowWindow"]

; отслеживаем появление и скрытие окон
HWINEVENTHOOK1 := SetWinEventHook(EVENT_OBJECT_SHOW, EVENT_OBJECT_HIDE, 0
                     , RegisterCallback("WatchingShowHideWindow", "F"), 0, 0, WINEVENT_SKIPOWNPROCESS)
; отслеживаем изменение позиции окон                             
HWINEVENTHOOK2 := SetWinEventHook(EVENT_OBJECT_LOCATIONCHANGE, EVENT_OBJECT_LOCATIONCHANGE, 0
                     , RegisterCallback("WatchingChangeLocation", "F"), 0, 0, WINEVENT_SKIPOWNPROCESS)
OnExit, Exit

Process, Exist
ScriptPid := ErrorLevel

Hotkey, %Hotkey%, SetDeleteOnTop, On

; таймер будет отслеживать AlwaysOnTop статус всех окон, кроме добавленных в Exceptions
SetTimer, MonitoringWindows, 1000
return

Esc::ExitApp

F10:: 
    WinGetPos, X, Y,,, ahk_class Notepad
    WinMove, ahk_class Notepad,, X + 50, Y + 50
    return

MonitoringWindows:
   MonitoringWindows()
   return
   
SetDeleteOnTop:
   SetDeleteOnTop()
   return

Exit:
   DllCall("UnhookWinEvent", Ptr, HWINEVENTHOOK1)
   DllCall("UnhookWinEvent", Ptr, HWINEVENTHOOK2)
   GUIs := ""
   ExitApp

MonitoringWindows()
{
   for k, v in GUIs
      if !WinExist("ahk_id" v.Parent)
         AlwaysOnTopOff(v.Parent)
      
   WinGet, List, List
   Loop % List
   {
      ID := List%A_Index%
      
      WinWait, ahk_id %ID%
      WinGet, PID, PID
      if (PID = ScriptPid)
         continue
      
      for k, v in GUIs
         if (v.Parent = ID)
         {
            WinGet, ExStyle, ExStyle
            if !(ExStyle & WS_EX_TOPMOST)
               AlwaysOnTopOff(ID)
            continue 2
         }
         
      CheckingAndMarking(ID)
   }
}

SetDeleteOnTop()
{
   WinGet, ID,, A
   WinGetPos, XWIn, YWin,,, ahk_id %ID%
   WinGetClass, Class, ahk_id %ID%
   
   for k, v in Exceptions
      if InStr(Class, v)
      {
         CoordMode, ToolTip
         ToolTip, Это окно класса %Class% исключено из мониторинга!, XWIn, YWin
         Sleep, 1500
         ToolTip
         return
      }
   
   for k, v in GUIs
      if (v.Parent = ID)
      {
         AlwaysOnTopOff(ID)
         return
      }
      
   WinSet, AlwaysOnTop, On, ahk_id %ID%
   CreateMarker(ID, XWin+ShiftX, YWin+ShiftY)
}

CreateMarker(OwnerID, X, Y)
{
   static WS_EX_TRANSPARENT := 0x20
   
; устанавливая расширенный стиль WS_EX_TRANSPARENT делаем окно-метку прозрачным для мыши
; опцией Owner%OwnerID% делаем GUI принадлежащим активному окну, тогда GUI всегда будет поверх окна-хозяина
   Gui, New, +E%WS_EX_TRANSPARENT% -Caption +LastFound +AlwaysOnTop +ToolWindow +hwndhGui +Owner%OwnerID%
   WinSet, Transparent, 200  ; прозрачность окна-метки, от 0 до 255
   Gui, Color, Red
   Gui, Show, NA w12 h12 x%X% y%Y%
   
   GUIs.Insert({Parent: OwnerID, Owned: hGui})
}

WatchingShowHideWindow(hWinEventHook, event, hwnd, idObject)
{
   if (idObject != OBJID_WINDOW)
      return
   
   if (event = EVENT_OBJECT_SHOW)
      CheckingAndMarking(hwnd)
   
   else if (event = EVENT_OBJECT_HIDE)
   {
      if !WinExist("ahk_id" hwnd)
         AlwaysOnTopOff(hwnd)
   }
}

CheckingAndMarking(hwnd)
{
   static WS_POPUP := 0x80000000, WS_CAPTION := 0xC00000, WS_BORDER := 0x800000
   
   WinWait, ahk_id %hwnd%
   WinGetClass, Class
   for k, v in Exceptions
      if InStr(Class, v)
         return
      
   WinGet, ExStyle, ExStyle
   if (ExStyle & WS_EX_TOPMOST)
   {
      WinGet, Style, Style
      if (Style & WS_POPUP && !(Style & WS_CAPTION) && !(Style & WS_BORDER))
         return
      
;     ToolTip % Class   ; раскомментировать строку для определения класса и добавления в Exceptions
      WinGetPos, XWin, YWin, WWin, HWin
      
      if (WWin = A_ScreenWidth && HWin = A_ScreenHeight)   ; проверка на полноэкранные окна
         return
      
      CreateMarker(hwnd, XWin+ShiftX, YWin+ShiftY)
   }
}

WatchingChangeLocation(hWinEventHook, event, hwnd, idObject)
{
   if (idObject != OBJID_WINDOW)
      return
  
   static i := 0, OwnedWindowID, MonitoredWindowID
   for k, v in GUIs
      if (v.Parent = hwnd)
      {
         OwnedWindowID := v.Owned
         MonitoredWindowID := v.Parent
         SetTimer, WatchingMove, 10
         break
      }
   return
   
WatchingMove:
   WinGetPos, X, Y,,, ahk_id %MonitoredWindowID%
   WinMove, ahk_id %OwnedWindowID%,, X+ShiftX, Y+ShiftY
   
   if (i++ = 30)
   {
      i := 0
      SetTimer, WatchingMove, Off
   }
   return
}

AlwaysOnTopOff(hwnd)
{
   for k, v in GUIs
      if (v.Parent = hwnd)
      {
         WinSet, AlwaysOnTop, Off, ahk_id %hwnd%
         Gui, % v.Owned ":Destroy"
         GUIs.Remove(k)
         break
      }
}

SetWinEventHook(eventMin, eventMax, hmodWinEventProc, lpfnWinEventProc, idProcess, idThread, dwFlags)
{
   return DllCall("SetWinEventHook" , UInt, eventMin, UInt, eventMax
                                    , Ptr, hmodWinEventProc, Ptr, lpfnWinEventProc
                                    , UInt, idProcess, UInt, idThread
                                    , UInt, dwFlags, Ptr)
}

XButton2 & LButton::KDE_WinMove("LButton")
KDE_WinMove(sButton)
{
    SetWinDelay, 0
    CoordMode, Mouse
    MouseGetPos, x1, y1, id
    WinExist("ahk_id" . id)
    WinGetClass, winClass
    WinGet, maximized, MinMax
    If (!GetKeyState(sButton, "P")) || (winClass == "WorkerW") || (maximized)
        Exit
    WinGetPos, winX1, winY1
    While GetKeyState(sButton, "P")
    {
        MouseGetPos, x2, y2
        x2 -= x1, y2 -= y1, winX2 := winX1 + x2, winY2 := winY1 + y2
        WinMove,,, winX2, winY2
        Sleep 15
    }
    Gosub, CleanVars
}