Вы хотя-бы код запускали, алгоритм работы подходит?

Запускал. Вторая редакция более понятная. То что нужно! Премного благодарен за помощь и терпение!

С первым я не очень разобрался.

Вы хотя-бы код запускали, алгоритм работы подходит?

Для этого как раз первый вариант, а значит второе не подходит...
Может так понятнее будет:

По старой доброй традиции заменяем MsgBox на своё...
MsgBox, 64, , Повторяющиеся действия %A_Index%, 0.75 заменить на действия в цикле в Action1, и MsgBox, 48, , Последовательные действия %A_Index%, 0.75 заменить на действия в Action2

Loop 
   { 
     ....
   } 
Return

Как сделать так, чтобы он прерывался при переходе к Action2?

последовательность действий, которая должна выполняться после нажатия горячей клавиши в течение 3 минут, затем должна выполниться другая последовательность действийи затем должен произойти переход к первой последовательности и так по кругу

если в общем цикле - первое выполняется каждый раз по 3 минуты в своём цикле, а второе после этого один раз в последовательности, то наверное так:

Space::
Loop {   
    StartLoop := A_TickCount , Tick := 3  ; Tick это секунды (3 минуты = 180 сек)
    Loop {
        MsgBox, 48, , % "Повторяющиеся действия в течение " 
            . Tick . " секунд:`r`r    осталось  " 
            . Tick - ( A_TickCount - StartLoop ) // 1000
            . "  секунд", 1
    }    Until ( A_TickCount - StartLoop ) / 1000 >= Tick
    MsgBox, 64, , Последовательные действия, 1
}

если просто первое и потом через 3 минуты после начала их выполнения второе, и так по кругу, то:

Space::
    Action1:
        SetTimer, Action2, 180000
        MsgBox, , , 1 последовательность действий, 1
        Return
    Action2:
        SetTimer, Action2, Off 
        MsgBox, , , 2 последовательность действий, 1
        GoTo, Action1