Попробовал, все отлично считается

@echo off
setlocal enableextensions enabledelayedexpansion

set /p sValue1=Enter value of variable 1: 
set /p sValue2=Enter value of variable 2:
set sMessage=absent

if defined sValue1 (
    if defined sValue2 (
        set /a iValue3 = sValue1 + sValue2
        >0_Log1.txt echo !iValue3!
        set sMessage=happy end
    )
)

echo %sMessage%

endlocal
exit /b 0

Как то так. Ничего лучшего в голову уже не приходит.
Но в данном конкретном случае придется еще громоздить блок проверки и преобразования введенных значений из string в integer.
Попробуйте ввести 12 и 03.

CMD/BAT: Коллекция ссылок

Зачем ivalue3 заключать в !!
Что делает включение опций: enableextensions enabledelayedexpansion?

Поскольку значение переменной окружения задаётся внутри операторных скобок и раскрывается эта же переменная окружения также внутри тех же операторных скобок — нужно использовать не символы процента — %Var% (в этом случае раскрытие переменной окружения и вычисление её значения произойдёт на момент входа в скобки), а символы отложенного раскрытия — !Var! (в этом случае раскрытие переменной окружения и вычисление её значения произойдёт в момент её использования). А для разрешения самой возможности использования отложенного раскрытия как раз и используется команда «setlocal enabledelayedexpansion».

@echo off
setlocal enableextensions enabledelayedexpansion

set /p sValue1=Enter value of variable 1: 
set /p sValue2=Enter value of variable 2: 

if defined sValue1 (
    if defined sValue2 (
        set /a iValue3 = sValue1 + sValue2
        >0_Log1.txt echo !iValue3!
        echo happy end
    )
)

endlocal
exit /b 0

@echo off
setlocal enableextensions enabledelayedexpansion
set /p %1="Enter value of variable 1: "
set /p %2="Enter value of variable 2: "
if (not defined %1) or (not defined %2) goto label_1
set p1=%1%
set p2=%2%
set /A p3=p1+p2
echo %p3% > 0_Log1.txt
endlocal
goto label_2
: label_1
echo %absent
pause
exit
: label_2
echo %happy end
pause
exit

Я так понимаю, что "текст_в_переменной" + "." сравнивается с "."
Если текст в переменной отсутствует, то получается, что сравнивается точка с точкой, т.е. результатом будет Истина.

Можно по идее попробовать сравнивать и так:

IF "%1"=="" Goto :empty_param
IF "%%myvar"=="" Goto :empty_myvar

Пробовал первым способом - неожиданный операнд goto, как-то так
вторым тоже пробовал, не получается, пробовал еще с nul сравнивать
и пробовал не только "%%myvar", но и %%myvar %myvar "!myvar!"