Нужна проверка на активное окно, только нём работают все макросы...

Если суть таймера только в этом, то не нужно изобретать велосипед, в посте #8 есть все, что нужно.
Почитай про #IfWinActive

#IfWinActive, 1111  

!0::
clipboard  = текст
Send, ^м
return


Capslock::Numpad4 

!3::
    Send 8
    Sleep, 200    
    Send 0
    Sleep, 200    
    Send 8
    Sleep, 200    
    Send 0        
    Sleep, 400    
    Send 9
    return 

!2::
    Send 98
    KeyWait LButton, D
    Send 0
    return

#IfWinActive

думаю команда Suspend может залипать альт.

!2::
    Send 98
    KeyWait LButton, D ;Ожидает нажатия левой кнопки мыши
    Send 0
    return

То что я хотел добавить к скрипту ни что иное как танцы с бубном для избегания указанного выше бага.
После того как вы вызываете скрипт(альт+2) совершается нажатие клавиш 9 и 8, затем в случае клика мышью жмется 0 и скрипт завершается. Хотел добавить, чтобы скрипт сворачивался не только при клике левой кнопкой мыши, а так же по правой кнопке и клавише esc.

!2::
    Send 98
    KeyWait LButton, D ;Ожидает нажатия левой кнопки мыши
    Send 0
    return

У меня он работает в соответствии с кодом. Насколько я понял первое сообщение, Вам требуется:

!2::
    Send 98
    KeyWait LButton, D
    Send 0
    return
Esc:: Send 0

Таймер - аналог директивы #IfWinActive?

SetTimer, WinActive, 400
return

WinActive:
IfWinActive, 1111
    Suspend Off
else
    Suspend On
return

!0::
clipboard  = текст
Send, ^м



Capslock::Numpad4 

!3::
    Send 8
    Sleep, 200    
    Send 0
    Sleep, 200    
    Send 8
    Sleep, 200    
    Send 0        
    Sleep, 400    
    Send 9
    return
    

!2::
    Send 98
    KeyWait LButton, D
    Send 0
    return

При использовании запрограммированных здесь хоткеев иногда клавиатура начинает работать так как будто бы залипла клавиша альт(alt).

!2::
    Send 98
    KeyWait LButton, D
    Send 0
    return

Хотелось бы чтоб ноль нажимался в том случае, даже если ЛкнМыши не нажата,  по клавиши esc или правой кнопки мыши, после чего этот скрипт всегда завершался.
Так же ужасно достал баг когда клавиатура входит в режим постоянно зажатого <alt> биндов достаточно много, и случается достаточно большое число ошибок, а следовательно и проблем с этим.