Это значит, что все объекты наследуют свойства родителя через прототип. Изменяя набор свойств и значений в родительском прототипе вы изменяете эти свойства во всех (!!!) наследуемых экземплярах.

Object - базовый объект для всех объектов. Типы Number, String, Boolean, String, Array и прочие - производные от Object. Поэтому, меняя что-то в его прототипе вы вносите изменения во все (!!!) объекты своего проекта.

Общепринятое правило: не следует что-то писать в прототип стандартных типов без особой надобности. Некоторые библиотеки это делают, но в этом есть необходимость, например, восполнить отсутствующий функционал.

Попробуйте следующий пример. Я специально установил новое свойство в прототип Object, чтобы показать как оно появляется во всех переменных наследуемых типов.

Object.prototype.prop = 'Hello, world!';

function show(v)
{
    WScript.Echo('====');
    WScript.Echo(( typeof v ) + ' : ' + v);
    WScript.Echo(v.prop);
};

var bool = false;
show(bool);

var str = 'I am JS string';
show(str);

var number = 42;
show(number);

var obj1 = {};
show(obj1);

var obj2 = { prop: 'Surprise!!!' };
show(obj2);

... как происходит, что JS при попытке прочитать св-во prop у числа (переменная e) берёт его из прототипа для Object?

Попытаюсь ответить выдержкой из файла справки Script56.CHM:

Перечислены встроенные объекты языка, среди них есть объект Number, и его безымянное свойство содержит элементарное значение Number. В Вашем случае при обращении к его свойству prop, оно доступно, как объявленное в прототипе любого объекта. Короче, в JScript любая сущность - есть объект, а, например, для Number это следует из спецификации ECMA Script, пункт 4.3.21 Объект Number.

В том же файле справки в Data Types (JScript 5.6) указано, что кроме типа Object есть еще и специальный тип Undefined, содержащий всегда одно элементарное значение Undefined, естественно, прототип объекта никак на него не влияет.

Object.prototype.prop = "test";                // опред. некоторое свойство в прототипе Object


var a = new Array(), b = new Enumerator(), c = new Object(), d = new Date(), e = 25, f = "test", g = true, h;
var myArr = [a, b, c, d, e, f, g, h];

for(k=0; k<myArr.length; k++)
    {
    try
        {
        myArr[k].prop;
        WScript.Echo("Тип объекта:  " + typeof(myArr[k]) + "\nЗначение св-ва prop:  " + myArr[k].prop);
        }
    catch(err)
        {
        WScript.Echo("Тип объекта:  " + typeof(myArr[k]) + "\nЗначение св-ва prop НЕ ОПРЕДЕЛЕНО");
        }
    }

ожидал, что значение св-ва с именем prop будет прочитано для объектов, которые имеют тип Object,
а для объектов типа string, number и прочих оно не будет определено, но как оказалось не определено
только для переменной h, которая объявлена, но никакого конкретного значения (и сотв. типа) не имеет.
на что ссылается Object.prototype в данном примере?
как происходит, что JS при попытке прочитать св-во prop у числа (переменная e) берёт его из прототипа
для Object?