Если без вспомогательных программ, то действия будут примерно следующими:
1) Создаем командный сценарий launcher.cmd, в котором пишем
start /min cmd /c worker.cmd
2) В папке с launcher.cmd создаем командный сценарий worker.cmd, в нем задаем логику вроде следующей
@set @e=0 /*
@echo off
set @e=
cscript //nologo //e:jscript "%~f0"
exit /b
*/
(function() {
var code = [
'res = MsgBox("Произвести настройку сейчас?", vbQuestion+vbOK, "Настройка")',
'Dim msg',
'Select Case res',
'Case vbOk',
' msg = "Производится настройка"',
'Case vbCancel',
' msg = "Отмена"',
'End Select',
'MsgBox msg, vbInformation, "Настройка"'
].join('\n');
with (new ActiveXObject('ScriptControl')) {
Language = 'VBScript';
AddCode(code);
}
}) ();
3) Проверяем на работоспособность запуском launcer.cmd
При необходимости дополнить worker.cmd необходимой логикой (с передачей управления (или без таковой) командному сценарию). Соль, перец - по вкусу.