Нужен тот же принцип, какой был бы, если бы вместо Gui вписать Msgbox. То есть, действие скрипта попадает в цикл, и в Msgbox просто отражает то, что находится в переменных, которые ему прописано выводить. Тогда как по Вашему примеру, помещенный в цикл Gui замкнётся в собственном цикле:
Gui, +AlwaysOnTop -Caption +ToolWindow
Gui, Font, S11 Bold c000000, Tahoma
Gui, Add, Text, vText +0x201 w88
Gui, Show, NA y-3 xCenter
loop
{
GuiControl, , Text, %A_Index%
Sleep, 100
}
А требуется полностью вписать этот код в другой цикл, и чтобы при этом в "GuiControl, , Text," согласно переменным отражалось то, что происходит в этом цикле.