Я экспортировал из реестра ветку AutoHotkey в reg-файл, поправил и потом импортировал в реестр. Дело в том, что там ещё и путь к компилятору указан должен быть и к редактору. Компилятор тоже другой у AHK_L. И тот бинарник, который вкомпилируется в exe, тоже свой для каждой версии.
Вероятно, вам лучше дать другое расширение старому AHK. AHK_L обновляется, и вы будете ставить новые версии, а делать это удобнее через установщик, нежели чем вручную файлы по папкам раскладывать. А установщик каждый раз будет стандартное расширение на себя переписывать.
Т.е. переименовать папку, где старый стоит, экспортировать его ветку реестра (HKEY_CLASSES_ROOT\AutoHotkeyScript), добавить туда новое расширение, исправить тип файла и пути и импортировать обратно.
Можете здесь экспорт из реестра опубликовать и скажите, какое расширение придумали и как папку переименовали, я исправлю.