AHK: Проверка состояния скрипта

Вам попроще или посложнее?
Если посложнее, можно попросить администратора поднять из архива эту тему.
Если попроще, создайте первому скрипту GUI-окно. А второй пусть находит его по названию окна. В том же  названии окна можно отображать нужную информацию (стоит ли он на паузе и т. п.).

А разве в момент остановки скрипта можно что-то делать? Я думал, что остановку можно констатировать только исходя из бездействия скрипта .

Можно пример скрипта, который бы выдавал сообщение перед тем как его остановят?

ypppu, скрипт можно поставить на паузу, например, соответствующей командой в контекстном меню(правой кнопкой по иконке в трее).
Хотя возможно обработка сообщений позволит обойти эту проблему:

OnMessage(0x111, "f")

GUI, Show, w340 h40,AutoHotkey script 123456
return

f(wParam)
{
   if (wParam=65306)
      msgbox
}