В реальности этот раздел не существует. Это псевдоним для совокупности данных из HKLM\SOFTWARE\CLASSES и HKCU\SOFTWARE\CLASSES. Если там и там есть одинаковые подразделы, то ветка пользователя имеет преимущество и именно её данные будут видны в HKEY_CLASSES_ROOT. При записи в него есть ещё дополнительные тонкости, все их я не исследовал. Лучше писать и читать конкретно те разделы, что я выше упомянул, смотря по тому, нужны ли вам дефолтные данные для всех пользователей, или конкретно для текущего. Последнее удобно тем, что не нужны права администратора для записи.
Т.к. кода вы своего не дали и как смотрите наличие данных, не объяснили, больше ничего сказать не могу.