В общем, не зря говорят: Тот кто ищет, тот всегда найдет. Поставил себе AHK_H 1.1 и начал экспериментировать...
Перепробовал кучу DLL-библиотек с амерских форумов, пробовал подключать несколько функций из AutoHotkey.dll, но почти всё работало только в некомпилированном виде, а после компиляции выдавало разного рода ошибки, причем DLL-файл не вшивался в EXE, нужно было его иметь рядом со скомпилированным скриптом (или в любом другом месте, как указать директорию).
В результате все решилось с помощью функции в AHK_H AhkThread(). Я думал, что для нее придется вызывать DllCall, потом держать вместе с EXEшником DLLку, но все оказалось до неприличия просто:
func := AhkThread()
func.ahkExec[ExecVar]
Во время компиляции эта функция сама вызывает AutoHotkey.dll, и что не менее важно для меня, вшивает все в EXEшник. В результате можно на компьютере, где даже никогда не было AHK, спокойно ею пользоваться. По-сути она исполняет код из переменной ExecVar, а добавить туда его перед этим можно многими способами. Код исполняет даже многострочный, пока не пробовал давать ей функции из инклудов, но думаю, что должна обрабатывать.
Собственно, готовую модель работы я уже протестировал, когда PHP возвращает блок кода, и он исполняется без создания каких-либо дополнительных файлов и в компилированном скрипте. Благодарю всех за дискуссию, что не остались равнодушны 
P.S. Я понимаю, что AhkExec это стандартная функция AHK_H, но прямым вызовом она не работала.
